El manejo de recursos como el agua y las canteras es un aspecto que se ha empezado a analizar con los primeros esfuerzos del PAW en seguimiento al reconocimiento y mapeo, así como con pozos de sondeo y excavaciones exploratorias en grupos residenciales.

El área central de El Perú-Waka´ muestra un patrón muy denso de grupos de plazuela.
El patrón de asentamiento de la zona central de El Perú es similar al de algunos otros centros mayas documentados, particularmente Palenque y Aguateca. Estudios recientes han revelado particulares soluciones a la problemática de la captación, mantenimiento y distribución de agua hacia la población nuclear.